ביום 12 ביולי 2004, התקבל בכנסת תיקון חשוב ביותר לחוק השיפוט הצבאי, הכולל שינויים בהליכי הדין המשמעתי בצה"ל. להלן ייסקרו עיקרי השינויים:
עוגנה בחוק זכותו של חייל המועמד לדין משמעתי בהתאם לחוות דעתו של פרקליט צבאי, להציג בפני קצין השיפוט חוות דעת משפטית של סניגור מטעמו. להתייחסות זו, רשאי הפרקליט הצבאי להתייחס, ולהתייחסותו הנוספת של הפרקליט הצבאי - רשאי החייל להתייחס.
כאשר הועמד חייל לדין משמעתי בהתאם להוראת פרקליט צבאי, יהיה המועד להגשת ערר 15 ימים מיום המשפט. חשוב לציין - כאשר חייל מועמד לדין שלא בהתאם להוראת פרקליט צבאי - המועד נשאר 3 ימים מיום המשפט.
קצין השיפוט יהיה מחויב להודיע לחייל על זכותו להגיש ערר ועל המועד להגשתו.
במידה וחייל אשר הועמד לדין משמעתי על פי חוות דעת פרקליט צבאי זוכה, יהיה רשאי הפרקליט הצבאי הראשי לערער על הזיכוי.
חייל אשר עמד לדין משמעתי על ידי הרמטכ"ל לא יוכל לערער, אך יוכל להגיש לרמטכ"ל בקשה לעיון חוזר בתוך 3 ימים. הרמטכ"ל יודיע לחייל על זכותו זו.
דיון משמעתי שנערך בחוסר סמכות, אך פרקליט צבאי היה מוסמך לאשרו מלכתחילה יוכל לאשרו גם בדיעבד (עיגון "הלכת חדד").
הפרקליט הצבאי הראשי יוכל לעכב עונש שהוטל בדין משמעתי למשך 7 ימים, ופרקליט צבאי - למשך 4 ימים, לצורך בדיקת נסיבות הדין המשמעתי וחוקיותו.