בצה"ל קיימים שני בסיסי כליאה צבאיים עיקריים, כלא 4 וכלא 6. בכל אחד מהם קיימות פלוגות גברים ונשים. עד לאחרונה, הייתה קיימת פלוגת נשים אחת בכלא הצבאי (כלא 400) אולם לאחרונה הוקמה פלוגת נשים נוספת (פלוגה 600 בכלא 6) דבר שהפחית מעט את העומס על הכלא הצבאי היחיד לנשים שהיה קיים עד עתה.
לאחרונה התקבלה החלטה של מערך הכליאה בצה"ל לפיו חיילים "חבושים", כאלה שנשפטו בדין משמעתי על ידי מפקדיהם לעונשי מחבוש, לא ייכלאו יותר בכלא הצבאי אלא יועברו למעצרים ביחידות וזאת על מנת להפחית מהעומס בבסיסי הכליאה הצבאיים ולהפרידם מחיילים אשר חשודים בביצוע עבירות פליליות ונידונים בבתי הדין הצבאיים.
כיום, הכלא הצבאי מכיל בעיקר עצורים שעדיין לא נגזר דינם במסגרת משפטם ב
בית הדין הצבאי ואסירים שנגזר דינם לעונשי מאסר שונים. אסיר שעונשו נגזר לעונש ארוך משנת מאסר והפך לחלוט וסופי, מובא בפני ועדה להעברת כלואים אשר דנה בשאלת העברתו של האסיר למערך שירות בתי הסוהר. ועדה זו, אשר מכונה "ועדה 210", בוחנת שיקולים רבים לפני העברת הכלוא לכלא אזרחי. במסגרת השיקולים נשקלים מהות העבירה בה הורשע האסיר ונסיבותיה (לרבות אופיה האזרחי או הצבאי), תקופת המאסר שנקבעה (ככל שהיא קרובה יותר לשנה כמובן שהועדה תטה יותר להשאיר את הכלוא בכלא הצבאי), עברו הפלילי של האסיר, התנהגותו בכלא הצבאי, רצונו של הכלוא, אפשרות שמירה על בטחונו, אפשרות שיקומו של האסיר במסגרת הצבאית, מעמדו הצבאי של האסיר ומצבו הרפואי.
בסיסי הכליאה הצבאיים לא ערוכים לקלוט אסירים לתקופות ארוכות יותר ואין בהם מערך שיקום מתקדם כמו זה שקיים בשירות בתי הסוהר, רשות שיקום האסיר, ועל כן לעיתים, ייטב עם הכלוא אם יעבור לכלא האזרחי. מצד שני, תמהיל האסירים הקיימים
בכלא הצבאי כמובן מעיד על מסוכנות פחותה יחסית לכלא האזרחי ומכאן רצונם של רוב האסירים החיילים להישאר בכלא הצבאי. מגוון העבירות המיוחסות לעצורים ו/או אסירים המוחזקים בכלא הצבאי דומה, כמובן, למגוון העבירות הנידונות בבתי הדין הצבאיים. רוב הכלואים בבסיסי הכליאה הינם עריקים או משתמשים בסם קל אבל אנו יכולים למצוא בבסיסי הכליאה הצבאיים גם עברייני עבירות סמים כבדות יותר, עברייני אלימות, נשק וכו'.
בתוך הכלא הצבאי קיימים שני מערכים אשר אמורים לסייע בשיקום כלשהו של המוחזקים בהם. ראשית, קיים מערך בריאות הנפש אשר אמור לתת סיוע נפשי לכלואים ואף נותן חוות דעת נפשיות לבתי הדין הצבאיים במקרים נדרשים. שנית, מזה זמן קיים בכל בסיס כליאה מערך גחל"ת. מאבחנות גחל"ת נפגשות עם חיילים שנעדרו מן השירות ובוחנות את סיכוייהם להשתלב חזרה בשירות תקין. המערך יכול להמליץ על השבתו של החייל ליחידתו, שינוי שיבוצו של החייל ליחידה אחרת בצה"ל ואף פיטוריו משירות צבאי מסיבות שונות.
שגרת החיים בכלא הצבאי אינה שונה משגרת החיים בטירונות הצבאית ומכילה בעיקר משמעת ומסדרים על גבי מסדרים. מרבית הסגל הינם חיילי חובה אשר מתפקידם לשמור על שגרת חיים סדירה ולסייע לכלואים להעביר את תקופת הכליאה בצורה תקינה. חלק מהכלואים מועברים לעבודות בתוך הכלא ומחוצה לו על מנת שניתן יהיה לסייע להם להעביר את הזמן ולהשתקם.
התנהגות טובה בכלא הצבאי יכולה לזכות את הכלוא בחופשות כמו גם להפחתת זמן הכליאה. על פי הפקודות, כלוא אשר התנהגותו טובה יכול להפחית 10% מתקופת כליאתו (כל עוד עונשו נקבע בין אחד ימי מחבוש למאה ימים) או עד שליש כאשר עונשו נקבע לתקופה של למעלה ממאה ימים.
בניגוד למערכת האזרחית בה יכולים אסירים לעתור לבית המשפט כנגד תנאי כליאתם. עד לאחרונה לא יכולים היו האסירים הכלואים בכלא הצבאי לעתור לבית הדין הצבאי כנגד תנאי הכליאה. עם זאת, לאחרונה, בעקבות עתירה לבג"צ שנעשתה בעקבות השמתו של עצור בבידוד בכלא הצבאי, קבע הבג"צ כי לבית הדין הצבאי הסמכות לדון בעתירות כאלה ואסירים הכלואים בכלא הצבאי יכולים להסתייע ב
עורך דין צבאי על מנת לעשות כן.